 封东来教授主要从事复杂量子材料的微观机理实验研究，属于凝聚态物理领域。2004年回国以后，带领着一群本科生或一年级的研究生，在较短的时间内建成了一个工作在国际前沿研究领域的实验室。几年来，在国家杰出青年科学基金资助下，取得了一系列的重要研究成果，包括：
(1)
在过掺杂的高温超导中发现了1.6eV的巨大色散，改变了多年来人们对高温超导色散能量尺度～0.3eV的看法。此方面研究引起了广泛重视，多个研究组随后跟进进行了后继工作。
(2)
对新型超导和电荷密度波材料1T-CuxTiSe2进行系统研究。证明了1T-TiSe2体系既是能带意义上的半导体，又是关联意义上的半金属，证明Kohn的绝缘体激子机理是CDW的起因，解决了此领域几十年的一个争论焦点。
(3)
发现一种电荷密度波新机理。在2H型二硫族金属化合物中，发现不是费米面而是遍布整个布里渊区的所谓“费米域”导致了CDW转变；解决了此类材料长期悬而未决的机理问题。这种新机理在电声子强耦合体系中有着普遍意义。
(4)
开辟了非弹性x光散射研究有机材料激子微观性质的这一崭新领域。首次用非弹性x光散射技术，获得对有机分子晶体应用尤为重要的动量分辨的激子谱，和激子迁移的信息。并证明最低能量的激子可以是局域的，推翻了过去的结论。同时把此技术推广到原子分子的研究中去，开辟了一个新的研究领域。
2003年以来，他发表国际期刊论文17篇，其中作为通讯作者发表在Physical Review
Letters上4篇， Physical Review B
2篇。在国际学术会议上作邀请报告16次，多次在全国性学术会议上做大会报告和邀请报告。他所做的工作已被引用1864次
(h因子达18)
，得到了国际学术界的认可。在培育人才方面，他的学生已经多人受邀在全国和国际会议上做邀请报告，有学生还获得了国际重要系列会议的poster
award。2007年他被评为复旦大学优秀研究生导师。
封东来现为复旦大学物理系教育部长江特聘教授，先进材料实验室微纳电子部副所长，兼任中国科技大学兼职教授、日本广岛大学同步辐射中心客座研究员，中国物理学会同步辐射分会学术委员、国家同步辐射实验室用户委员会副主任，亚洲晶体学联合会、国际新超导体的谱学等系列会议组委，Journal
of Electron Spectroscopy and Related
Phenomena编委等学术职位。并曾任中国物理学会2003、05、06、07
年会“超导和强关联物理”分会主席，亚洲晶体学联合会2007年会分会主席。他在2005年获联合国教科文组织青年科学家奖，继袁隆平、王选、陈章良、陈永川分获教科文组织科学奖、青年科学家奖之后，再次为祖国争得殊荣。此外封东来教授还于2004年获国务院政府特殊津贴，上海市科技启明星；2005年获复旦大学校长奖；2006年获得中国青年科技奖，入选新世纪百千万人才工程国家级人选。
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